Las similitudes morfológicas entre Epipedobates tricolor y E. anthonyi hace que diferenciarlas sea una tarea difícil, este tema genera mucha controversia ya que cada autor aplica una clasificación propia.
Algunos autores engloban a ambas especies bajo el nombre de E. tricolor y consideran E. anthonyi como una subespecie de esta, sin embargo, otros autores hablan de dos especies independientes. Incluso hay otros autores que las agrupan dentro de las Phillobates.
